Shiki, hay đúng hơn là Tsunenori (常規) - tên ban đầu của ông, sinh ra tại thành phố Matsuyama thuộc tỉnh Iyo (tỉnh Ehime ngày nay) trong một gia đình võ sĩ đạo quen với cuộc sống giản dị. Khi còn nhỏ, ông được gọi là Tokoronosuke (処之助); ở tuổi thiếu niên, tên của ông được đổi thành Noboru (升). [cần dẫn nguồn] Cha của ông, Tsunenao (岡), là một người nghiện rượu. Shiki mất cha khi lên năm tuổi. Mẹ của ông, Yae, là con gái của Ōhara Kanzan, một học giả Nho giáo. Kanzan là người thầy đầu tiên ngoài trường học của ông; lên 7 tuổi, cậu bé Shiki bắt đầu đọc Mạnh Tử dưới sự dạy dỗ của người thầy này. Shiki sau đó tự nhận mình là một học sinh kém siêng năng.

Năm 15 tuổi, Shiki trở thành một người cấp tiến chính trị, gắn bó với Phong trào Tự do và Nhân quyền đang suy yếu và bị chính hiệu trưởng của Trường trung học Matsuyama cấm tham dự những buổi diễn thuyết trước công chúng. Trong khoảng thời gian này, ông dần có hứng thú với việc chuyển đến Tokyo. Ông đã chuyển đến đây vào năm 1883.